北京中醫藥大學始建於1956年，前身為北京中醫學院，是國務院批准最早創辦的高等中醫藥院校。1960年，學校被中央確定為全國重點高校；1971年，學校與中國中醫研究院合併；1977年，兩院分開，分別恢復獨立辦學；1993年，學校更名為北京中醫藥大學；1996年，入選國家“211工程”重點建設大學；2000年，學校與北京針灸骨傷學院合併，組建新的北京中醫藥大學。
學校有和平街校區、望京校區和良鄉校區3個校區，佔地面積108.30萬平方米；下設14個教學單位，12個本科專業；有8所直屬附屬醫院，4所非直屬附屬醫院，5所非直屬臨床醫學院，8所教學醫院；教職工5120人；全日制在校生12602人，其中研究生4504人，本科生7536人，留學生562人。