民辦大學的畢業證和公辦大學的畢業證在本質上沒有什麼區別，都是國家教育部認可、頒發並承認的學歷證明，換言之，高校畢業證就是隻有專科、本科、碩士研究生或者博士研究生等學歷之分，而從畢業證上並無體現民辦大學還是公辦大學之區分！
公辦的三本，由各大高校負責管理，民間投資建校的一種三本模式。區別在於公辦三本依託本部的資源，而民辦三本是自己管理自己辦。民辦院校也屬於高考統招，其畢業證是國家承認的'。少數三本大學是經批准的省屬普通本科院校，按教育成本收取學費，被定為國有高校實行新的管理模式和執行機制的試點單位。
對於就業，國企和某些政府事業單位會比較在意是否為公辦院校畢業生，比如考錄公務員或事業單位工作人員、國企職員，面試的時候存在劣勢。大型企業（私企）的正式人員招錄中，也會比較在意學歷。