工資及退休相關的問題？遼寧大連

工資及退休相關的問題？（遼寧大連）

我父親於1979年開始在一家國有企業工作，直到2008年，公司體制改革，應該是變成了私人公司（改名為XX有限公司）。由於父親一直有輕度的抑鬱症（不是總髮作），經過叔叔和廠裡領導的商量（本人當時在日本），寫了一張有現任廠長和當時車間主任，還有我叔叔簽字的協議，大體內容是，我父親可以不上班，仍然享受在職職工的待遇。可是從那以後（2008年2月），一直到現在，一個月的工資也沒給我父親發。當然，我父親也一直沒有上班，原因就是由那張協議的存在，去了工廠，反而惹得人家不高興。。。
2011年9月，我父親就年滿60週歲，退休的年紀。
我想知道的是：
1。那張協議有沒有法律效力？我父親將近3年的工資能不能要回來？

2。如果那張協議沒有作用，按照現在同廠子的'關係，我父親的退休手續應該怎麼辦理？什麼時間辦理？（估計廠子不能給辦）
3。如果廠子最近這3年的時間，沒有給交養老保險/醫療保險之類的，是不是會影響退休？如何解決？（廠子沒有給我們任何通知）
謝謝幫助！