師資力量不同
公辦院校與民辦的區別還在於師資上面的不同，公辦院校的師資一般要比民辦的好，而且好很多，這點是由於其學校性質所決定的。
公辦可以享受的'師資待遇與民辦的自聘自費是有很本質的區別，也是很多家長所顧忌和顧慮到的，就目前的情況來說，民辦的師資短板已經在漸漸的縮短了。
社會認可度不同
民辦的本科，大部分是三本院校，好一些的是二本院校;一般來說，民辦的學生在高考時成績的不算太好。在畢業時雖然同是本科學歷，都擁有學士學位，但是這難免會有一些人的有色對待，這點在現實中是比較常見的。
辦學性質不同
民辦的本科和公辦的本科存在辦學性質不一樣，學歷證書都統一由國家教育部頒發，學校無權頒發學歷證書，其本科畢業證和學士學位證書都可以在教育部網站查實。
組織不同
公辦大學，是指由國家舉辦的學校，其辦學經費全部來自國家財政撥款。而民辦高校是指企業事業組織、社會團體及其他社會組織和公民個人利用非國家財政性教育經費，面向社會舉辦高等學校。