學校創建於1984年7月，在原國務院代總理萬里同志親切關懷下，由北京大學、清華大學共同援建。時任中共中央同志為學校題寫校名。學校1985年正式招生，1998年成為碩士學位授權單位。2001年3月，經山東省政府批准，原山東省建材工業學校、原山東省水產學校併入煙臺大學。
截至2021年3月，煙臺大學（萊山區）佔地面積2100畝，建築面積101.98萬平方米，教學科研儀器裝置總值5.12億元；煙臺大學（開發區）科教園區位於煙臺八角灣中央創新區，專案總佔地1000餘畝；學校設22個學院（部），69個本科專業；有22個碩士學位授權一級學科，11個碩士專業學位授權類別；有專任教師1726人，有全日制在校本科生、研究生、留學生共3萬餘人。