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學校由原龍溪師範學校於1958年春設立的師範大專班發展而來，1963年參與合併組建福建第二師範學院，1986年經原國家教委批准復辦福建第二師範學院，並更名為漳州師範學院，2003年獲得碩士學位授予權，2013年4月更名為閩南師範大學。2018年1月，學校新增為福建省2018-2020年博士學位授予培育單位立項建設名單。 2018年，漳州農業學校併入閩南師範大學，設為閩南師範大學圓山校區。